隱匿性陰莖的病因眾多，主要包括先天性因素與后天性因素。

一、先天性因素主要體現在以下兩方面：

1.陰莖內膜發育異常，陰莖內膜通常具有良好的伸縮性，若小孩的陰莖內膜增厚、增粗，會致使纖維索帶失去彈性，進而讓陰莖的伸縮受到限制。

2.陰莖內膜附著異常，當陰莖內膜附著于陰莖體前端或者陰莖頸時，陰莖外觀會呈錐形，這主要是由于在懷孕早期使用了保胎藥物，比如黃體酮、保胎中藥等。此外，接觸雌激素物質也可能引發這種情況。

二、后天性因素常見的有：

1.包皮環切術后瘢痕性狹窄束縛陰莖，使其不能向前增長。

2.肥胖也是比較常見的原因，肥胖兒童恥骨前的脂肪特別多，陰莖會隱匿于脂肪之下，從而導致陰莖外觀短小。

總之，隱匿性陰莖的病因既有先天性的，也有后天性的，了解這些病因對于該病癥的診斷和治療都具有重要意義。