包皮里面長小水泡的原因可能包括皮膚過敏、毛囊炎、生殖器皰疹等。

一、皮膚過敏

若包皮經常受到摩擦或其他刺激，就可能引發過敏反應，從而導致局部出現丘疹或丘皰疹，同時往往伴有瘙癢癥狀。針對這種情況，可在醫生指導下口服抗組胺藥物進行治療，比如鹽酸西地嗪片、氯雷他定片等。

二、毛囊炎

這可能是由于個人衛生不佳，致使細菌侵入所引起，會出現以毛囊為中心的紅色丘疹，也可能存在皮膚瘙癢。此時可依據醫生建議外用紅霉素軟膏或莫匹羅星軟膏等藥物來處理。

三、生殖器皰疹

通常是由皰疹病毒感染導致，會使生殖器周圍出現透明水泡，且伴有疼痛或瘙癢感。需要口服抗病毒藥物，如伐昔洛韋或阿昔洛韋等。

此外，也有可能是受到摩擦或是陰莖珍珠疹等原因造成，如有必要可到醫院做進一步檢查以明確診斷。

總之，當發現包皮內有小水泡時，要及時關注并就醫，明確具體原因后采取針對性的治療措施。