肛門兩側長很多小疙瘩，可能與毛囊炎、尖銳濕疣等有關。具體如下：

一、毛囊炎：這通常是由于個人不良衛生習慣、高溫、多汗等因素，致使肛周細菌過度繁殖，對毛囊形成刺激，進而使肛周皮膚出現炎癥。其表現往往為紅色充實性小疙瘩、毛囊性膿皰瘡等。對此，可遵醫囑局部涂抹莫匹羅星軟膏、夫西地酸鈉軟膏等藥物來進行治療。

1.莫匹羅星軟膏：具有抗菌消炎的作用。

2.夫西地酸鈉軟膏：能有效抑制細菌。

二、尖銳濕疣：因感染HPV而引發的一種增生性疾病，常常出現在生殖器、肛周等潮濕部位。主要表現為米粒狀贅生物，類似小疙瘩，質地比較韌，還常會伴有皮膚發癢的癥狀。可以遵醫囑局部使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊等藥物進行治療。

1.咪喹莫特乳膏：能針對尖銳濕疣發揮作用。

2.鬼臼毒素酊：對尖銳濕疣有一定療效。

若出現肛門兩側長小疙瘩的情況，建議及時前往醫院就診檢查，依據具體狀況，積極配合醫生的治療。