3歲寶寶發燒39度的處理要依據寶寶精神狀態與高溫持續時間。具體為：

一、若3歲寶寶發燒39度但精神狀態佳，無不良反應且不影響日常生活，可不特殊處理，持續觀察并多補充水分即可。

二、要是3歲寶寶發燒39度且精神狀態差并伴有咳嗽、腹痛等癥狀，則需及時退熱處理，可采用如下方式：

1.藥物治療：可遵醫囑服用布洛芬片、對乙酰氨基酚片等退燒藥，其退燒效果良好，能防止高熱驚厥的發生。同時要盡快前往醫院進行相關檢查，以明確發熱病因，進而針對病因展開后續治療。

2.物理降溫：服用退燒藥后，可通過溫水擦拭身體、調整環境溫度等物理降溫手段來幫助降低體溫，能有效緩解寶寶發熱過度情況。同時，寶寶發燒39度可能會出汗致衣服潮濕，需給寶寶換上干燥衣服，利于散熱。

總之，3歲寶寶發燒39度時，要根據具體情況選擇合適的處理方法，密切關注寶寶狀態，確保寶寶的健康和安全。