結石排出后腎部仍隱痛的原因包括身體未恢復、結石未排凈、肌肉勞損。

一、身體沒有恢復：進行碎石治療后，結石排出過程中輸尿管可能受損，所以即便結石已排出，身體仍可能出現局部隱痛感。這種情況下通常休息一段時間可自行恢復，但如果疼痛持續不緩解，則需及時到醫院復查治療。

二、結石沒有排干凈：結石治療后若體內仍有結石殘留，也會導致腎部疼痛。此時需到醫院進行彩超檢查，可在醫生指導下服用腎石通顆粒、活血止痛膠囊等藥物。平時要多喝水以增加尿量，促進結石排出。

三、肌肉勞損：經檢查結石已排出但仍有隱痛，可能是肌肉勞損所致。可通過熱敷或理療緩解疼痛，平時還應加強腰背部肌肉鍛煉，避免過度勞累并多休息。若疼痛嚴重，可在醫生指導下服用止痛藥或肌肉松弛藥緩解。

結石排出后腎部隱痛可能有多種原因，需根據具體情況進行判斷和處理，必要時尋求醫生幫助。