確診后，應先利用藥物來控制感染，隨后需盡快實施手術切除甲狀舌管囊腫，從而防止反復感染以及癌變等不良狀況出現。

一般治療方面，當存在瘺口時，要著重保持患者瘺口周圍皮膚的清潔，以免引發感染或者致使原有感染加劇。

抗生素治療方面，對于急、慢性感染的患者，可以運用廣譜抗生素來把控感染。

手術治療方面，本病一旦確診，就應當馬上進行手術切除，以預防感染、瘺管或者癌變情況的發生。要是囊腫發生癌變，在手術切除后，或許還需要輔以放射治療和化學治療，即放療和化療。

確診后先藥物控制感染再盡快手術切除，存在瘺口要保持清潔，急慢性感染可用抗生素治療，確診后應立即手術，囊腫癌變術后可能需放療和化療。