新生兒囟門小的原因主要有自然分娩和小頭畸形等。每個孩子體質不同，囟門大小有差異，一般來說新生兒囟門小影響不大。

一、自然分娩嬰兒：

1.原因：可能是分娩時頭顱受擠壓塑形，初生嬰兒前囟大小與頭顱塑形程度有關。

2.變化：幾個月后隨著頭顱塑形恢復，會有“變大”傾向，之后再逐漸變小、閉合。

3.影響：通常不會導致不良后果。

二、存在小頭畸形：

1.原因：其他因素致大腦發育不良，使頭顱狹小，進而出生時頭顱小且囟門也小。

2.治療：主要是手術治療。

新生兒囟門小不一定意味著有問題。若孩子囟門偏小，家長應協助密切監測頭圍發育，定期體檢，只要頭圍在正常范圍內，一般是正常的。要注意避免過度補充鈣質，以防促進囟門過早閉合。

總之，新生兒囟門小的情況要具體分析，關注孩子頭圍等相關情況，必要時采取相應措施。