新生兒腦部核磁共振對新生兒身體健康無影響。具體如下：

一、腦部磁共振無電離輻射，對人體影響極小。

二、通常腦部存在體質性病變時會做頭部核磁共振檢查。這是一種影像學檢查，臨床應用廣泛。它能通過核磁信號變化顯示檢查部位情況，醫生借此判斷正常及異常。如可檢查出腦水腫、腦出血、腦梗塞、腦內腫瘤、腦內血管畸形等，尤其對腦部出血和腦梗死早期病灶有很好分辨作用。且對于一些腦血管病患者，若發病時間短，CT無法查出病灶，核磁共振可避免，其能顯示超早期梗死灶和顱內大血管影像，還可對顱腦內炎性病變及微性病變做初步判斷。

三、需注意的是，因腦部核磁共振檢查時間略長，可能需對寶寶進行鎮靜后檢查。

總之，新生兒做腦部核磁共振是安全的，且在診斷腦部病變方面有重要作用，但檢查時要根據具體情況進行相應安排。