新生兒手指甲根部發黑可能有以下原因：

一、衣物脫色：如果家長給新生兒所穿深色衣物存在脫色情況，那么衣物顏色就可能停留在指甲根部，進而引起手指甲根部發黑。

二、受涼：主要是室內溫度較低，致使新生兒手指皮膚受冷，導致手指部位血液循環顯著減慢，從而出現手指根部發黑現象，同時還常伴有手指冰涼表現。

三、局部壓迫：多因新生兒長時間保持一個體位，使得手指部位受壓，致使末梢循環較差，于是出現手指甲根部發黑的情況。

此外，先天性心臟病也可能導致新生兒手指甲根部發黑，此時應前往醫院完善相關檢查，明確原因后再針對性地采取處理措施。

總結概況提示：新生兒手指甲根部發黑可能由多種因素引起，如衣物脫色、受涼、局部壓迫等，也可能與先天性心臟病有關，需要仔細觀察和進一步檢查以明確原因。