真菌性角膜炎患者在治療過程中，是否可以停口服藥和眼藥水，需要根據具體情況來決定，不能一概而論。

如果真菌性角膜炎病情較輕，經過一段時間的治療后，癥狀已經明顯改善，醫生可能會考慮逐步減少或停用口服藥和眼藥水。但是，如果病情仍然嚴重，或者存在角膜潰瘍等并發癥，可能需要繼續使用藥物治療。醫生會密切觀察患者的治療效果，包括癥狀的緩解、角膜潰瘍的愈合情況等。如果治療效果不佳，可能需要調整治療方案，包括增加藥物種類或劑量，或者考慮其他治療方法。此外，患者的年齡、健康狀況、免疫功能等因素也會影響治療方案。例如，老年人、免疫功能低下的患者可能需要更長期的治療，或者需要使用更強效的藥物。