肝內膽管癌的病因尚不完全清楚，一般情況下和膽管結石、原發性硬化性膽管炎、華支睪吸蟲感染、膽管囊性擴張癥、先天性膽管擴張癥等有關。

1.膽管結石

長時間存在的膽管結石會導致膽管壁反復損傷和炎癥，增加患膽管癌的風險。

2.原發性硬化性膽管炎

這是一種自身免疫性疾病，可導致膽管炎癥和狹窄，進而增加膽管癌的發生幾率。

3.華支睪吸蟲感染

華支睪吸蟲感染可引起膽管炎和膽道梗阻，長時間刺激可能導致膽管細胞惡變。

4.膽管囊性擴張癥

膽管囊性擴張癥患者的膽管壁容易發生惡變，形成膽管癌。

5.先天性膽管擴張癥

這是一種先天性疾病，也可能增加膽管癌的發生風險。