二代試管嬰兒技術的畸形率相對較低，通常不會高于自然受孕嬰兒的畸形率。

二代試管嬰兒技術主要針對男性嚴重少精、弱精、畸精等問題，醫生會對男性精子進行篩選，并在顯微鏡下將精子注射到卵子內，以促進受精。這個過程本身就對精子進行了篩選，所以胎兒發生畸形的幾率相對較低。

二代試管嬰兒的畸形率主要受自身染色體影響。在進行試管嬰兒前，選擇高質量的卵子和精子進行結合，可以降低胎兒的畸形率。受孕成功后，孕婦應該進行定期的孕期檢查，如NT檢查、唐氏篩查、四維彩超、羊水穿刺等，以及時發現并處理可能存在的胎兒發育異常情況。