肛瘺手術后，傷口的分泌物需要大約兩周到三周的時間才能完全消失。

由于手術后的傷口容易被污染，傷口在自我清潔的過程中會產生分泌物，這些分泌物會間斷性地流出肛門外。通常，在大約兩周的時間里，傷口的分泌物會逐漸減少，直到傷口完全愈合。然而，對于特別嚴重的肛瘺，特別是高位復雜性肛瘺，手術后的分泌物可能會持續較長時間，有時甚至可能延續到三周左右。

為了減輕分泌物帶來的不適，患者可以在手術后定期清洗傷口，進行坐浴和換藥。特別是當分泌物較多時，可以使用碘伏或相關的中藥制劑進行局部外用，以減少分泌物的殘留。同時，保持傷口引流通暢也是非常重要的，這有利于分泌物的排出。