對于子宮內膜異位癥如何診斷是比較復雜的，因為它的很多癥狀與附件炎、子宮肌瘤、直腸癌、卵巢腫瘤等疾病有很多類同。當腹腔鏡應用于臨床之前，為了子宮內膜異位癥如何診斷，與其他疾病相區分，主要使用的檢查手段是X光、B超、化驗、活檢乃至于CT等，而且需要多種手段并用，子宮內膜異位癥是如何具體診斷的呢?
超檢查：診斷標準 根據子宮的大小、形態、內部回聲、子宮兩側卵巢部位及子宮后方的異常聲像圖，診斷子宮內膜異位癥。
子宮內膜異位的檢查
(1)子宮直腸陷凹部位可見單個或多個結節或不規則液性暗區，與周圍組織粘連，邊緣模糊，暗區內可見均勻彌散分布的斑點狀低回聲。子宮后傾固定，子宮直腸陷凹變淺，甚至完全消失。
(2)子宮腺肌癥，子宮徑線明顯增大，輪廓尚規則，子宮腔內膜回聲線居中，位置無改變，子宮切面回聲不均勻，有實質性低回聲和強回聲區，多合并子宮肌瘤。
腹腔鏡檢查：可見巧克力囊腫，一般巧克力囊腫為8～10cm大小，子宮直腸陷凹有明顯紫藍、棕色或黑色結節，或纖維粘連硬塊，直腸淺層被累及與子宮后方緊密粘連，致子宮直腸陷凹封閉。
活體組織檢查：懷疑有宮頸、陰道、腹壁疤痕等部位子宮內膜異位癥，于局部病灶處取活組織病理檢查。
血液學檢查：檢驗血中CA—125的數值，CA—125的抗原存在于體內的器官組織中，平常這些抗原，不會釋放到血液中，直到組織受損或有異常的增生時，血液中的CA-125便會增加。
一般CA-125正常值定位在35u/ml以下，若超過35u/ml便要考慮以下各種疾病：子宮內膜異位、骨盆腔發炎沾黏、子宮肌瘤、卵巢癌。它雖然不能作為一種非常有效的疾病篩檢方法，一旦發現異常，仍不失為一種治療指針，如果CA-125下降表示效果不錯，如果CA-125持續上升，可能需要改變治療方針。