手術(shù)是治療肛瘺的主要手段，中醫(yī)治療只能緩解肛瘺的癥狀，無法從根本上治療肛瘺，適用于恢復(fù)期調(diào)整和暫不宜手術(shù)的患者，通常包括內(nèi)治法和外治法。

1、內(nèi)治法

主要用于不能手術(shù)的患者或術(shù)前、術(shù)后的輔助治療，辯證診斷后服用對證性中藥治療，比如對于濕熱下注證的患者通常采取龍膽瀉肝丸、二妙丸、葛根芩連片等藥物緩解肛瘺的癥狀。

2、外治法

主要通過插藥脫管療法、熏洗法、針刺法、引導(dǎo)法等起到擴創(chuàng)引流，祛腐剔異，拔毒生肌，斂瘡收口等作用。

對于適合手術(shù)的患者，建議配合手術(shù)治療去除病灶，減少肛門括約肌的損傷并保護肛門功能。