線粒體腦肌病是由于基因突變引起，所以暫無有效預防措施，但患者可以通過優生優育、產前診斷、定期復查等方法降低發病率。

1.優生優育

線粒體腦肌病的發生與近親結婚、高齡產婦等原因有一定聯系，所以患者應注意優生優育，避免近親結婚或高齡生產，能夠降低發病率。

2.產前診斷

已懷孕的患者應注意做好產前診斷以及基因檢測，若出現基因突變，應考慮終止妊娠。

3.定期復查

患者平時還應注意定期復查，能夠有效延緩或預防病情發展。