肝內膽管結石3mm有可能自愈，但概率較低。

肝內膽管結石是膽管結石的一種類型，是指左右肝管匯合部以上各分枝膽管內的結石。對于3mm的肝內膽管結石，若沒有引起明顯的臨床癥狀，如腹痛、黃疸等，部分患者有可能通過調整飲食和生活習慣，如低脂飲食、規律飲食、適當運動等，促進結石的自行排出。但需要注意的是，這種自愈的情況并不常見，而且即使結石能夠自行排出，也存在復發的風險。

因此，如果發現肝內膽管結石，建議及時就醫，根據醫生的建議和自身情況選擇合適的治療方法，如藥物治療、手術治療等，以避免病情加重和并發癥的發生。