新生兒心臟缺損的原因有遺傳因素、環境因素、母體患有疾病因素等。

1、遺傳因素導致

某些先天性心臟病有家族遺傳傾向，因此家族中有先心病的患者，新生兒患心臟缺損的風險增加。

2、環境因素

如孕婦在服用藥物不當、營養不良、環境污染等因素也可能會影響胎兒生長發育，導致其心臟發育不良，所以新生兒出現后出現心臟缺損。

3、母體患有疾病因素

如孕婦患有糖尿病、結締組織疾病等，且病情控制不佳，也可能對胎兒的心臟發育產生影響，導致新生兒心臟缺損。