跑步時腳后跟疼可能是環境因素所致，也可能是由于過度運動引起肌肉勞損或者出現跟腱炎等疾病所致。

1、環境因素：如地面不平整，有較多的石子，鞋底比較薄，可能會因此導致足底受到刺激而引起疼痛，而足跟受力較大，所以疼痛更加明顯。

2、肌肉勞損：運動前后未充分拉伸，會導致小腿肌肉以及足部肌肉緊張，可能會在運動時間比較長的情況下引起肌肉勞損，產生酸痛不適感。

3、跟腱炎：其病因尚不明確，但是與跟腱部位反復受到劇烈拉伸、跟腱纖維輕微撕裂，跟腱彈性減弱，甚至在內部形成鈣化和骨化結構有關，患者會出現足跟疼痛、腫脹、僵化等癥狀。