精原細胞瘤的發病原因尚未明確，可能是原始生殖細胞在發育過程中出現變異造成的。

精原細胞瘤是生殖細胞腫瘤的一種，主要起源于胚胎期生殖上皮和生精小管中的原始生殖細胞，由于這些細胞在胚胎發生過程中會逐漸遷移到睪丸，如果在發生過程中產生變異，沒有繼續分化，保留了類似原始生殖細胞的特征時，會因為不受控制的增殖形成精原細胞瘤。其次，隱睪、尿道下裂、家族史、染色體異常、雄激素不敏感綜合征和混合性腺發育不全等因素均會增加精原細胞瘤的發病幾率。

男性日常應注意維持良好的生活習慣，有助于降低該病的發生幾率。