一般的關節囊腫不需要治療，因為本身囊腫比較小，或者沒對周圍的結構，比如神經、血管以及一些重要的結構產生擠壓，則不需要進行處理，可以每隔三個月復查一次，看看囊腫有沒有變化。

如果變化比較大，可以進行手術切除治療。如果沒有變化，可以繼續觀察，也可以把觀察的期限放至半年。如果是關節囊腫，對周圍的結構產生明顯的擠壓，比如產生對神經的壓迫，出現遠端的麻木，以及對血管出現擠壓，造成動脈供血下降、靜脈回流減少，導致下肢出現腫脹及缺血的情況，這樣要進行手術切除治療，把囊腫切除之后，解除對周圍組織的壓迫，癥狀能夠得到明顯的減輕。