小兒胃潰瘍由多種原因導致，最常見的是胃酸以及胃蛋白酶分泌增多。另外，胃潰瘍與幽門螺桿菌感染密切相關，幽門螺桿菌感染存在有家庭聚集性。

一般如果孩子的父母有幽門螺桿菌感染，孩子感染幽門螺桿菌的機會也很大。其次與某些藥物使用有關系，比如患兒長期口服非甾體類解熱鎮痛藥，最常見的是阿司匹林、布洛芬緩釋片等。

也有的長期口服激素也可以導致藥物性胃潰瘍發生，因為口服藥物可以降低胃黏膜的防御能力，引起胃黏膜損傷。其它包括嚴重的精神創傷、中樞神經系統感染性疾病、腦出血以及外傷、手術、燒傷之后，均可以導致應激性胃潰瘍發生。