腦干損傷的后遺癥有認知功能障礙、運動功能障礙、言語功能障礙、吞咽功能障礙等。

腦干是人體的生命中樞，可以維持呼吸、心跳、消化、循環、體溫等多種生理功能，還可以支配吞咽、構音、感覺等功能，腦干損傷后可能會對認知、運動、言語、吞咽等多項功能產生影響，由于腦神經損傷不可逆，所以患者可能會出現偏癱、記憶能力下降、計算能力下降、失語、吞咽困難等各種以神經功能障礙為表現的后遺癥。