膽管結石手術的方法包括：

第一、膽管切開取石術，是最基本的方法，應爭取切開狹窄的部位，沿膽管向上切開甚至可達二級膽管，直視下或通過術中膽道鏡取出結石直至取鏡，對于難以取鏡的結石應行肝切除。

第二、膽腸吻合術，這種輸入方式不能作為替代對膽管狹窄，結石病灶的處理方法，當凹底括約肌更有功能時，應盡量避免行膽腸吻合手術。

第三、肝切除術，肝內膽管結石反復發作，并發感染可引起局部的肝萎縮、纖維化和功能喪失，切除病變的肝，包括結石和感染的病灶，不能切開的狹窄膽管，既去除了結石的再發源地，并可以防止病變肝段和肝葉的排便。