肝膽結石的形成和環境、遺傳、寄生蟲感染、飲食、膽管先天發育異常、膽紅素代謝紊亂等多因素相關。

在我國，肝膽結石的發病存在地域差異，北方地區的膽囊結石和膽固醇性結石較多，南方地區的肝內外膽管結石和膽色素結石較多，膽道內寄生蟲、膽道反復感染、膽管先天發育異常會增加原發性膽管結石的發生，部分患者結石反復出現。

而肥胖、高脂肪飲食則和膽固醇結石的形成有一定相關，女性患者的結石發病率相對較高，如果膽囊結石掉入膽管則形成繼發性膽管結石。

合并慢性肝病，既往做過胃腸道手術的人群也容易出現肝膽結石。