如果肛瘺終身不做手術(shù)，肛瘺會反復(fù)發(fā)作，一旦累及肛門括約肌，會影響其功能，例如控便異常，甚至是肛門失禁。其次肛瘺終身不做手術(shù)，會導(dǎo)致病情反復(fù)發(fā)作、久治不愈，進(jìn)而增加癌變的風(fēng)險(xiǎn)。肛瘺難以自愈，且保守治療不能根治，因此患者一經(jīng)診斷需行手術(shù)治療，手術(shù)方式有肛瘺切開術(shù)、掛線療法或肛瘺切除術(shù)等。對于急性感染發(fā)作期患者，應(yīng)先給予抗生素控制炎癥，之后再做手術(shù)。