不同表現癥狀的腸易激綜合征所采用的治療藥物也不同，頻繁性腹瀉的患者，需要口服腸道益生菌治療，調節腸道內的菌群。而便秘型腸易激綜合征患者，需要口服乳果糖等半纖維或滲透性藥物治療，促進糞便的排出。

典型癥狀為與排便異常相關的腹痛、腹脹、腹瀉、便秘。根據不同的類型，腹瀉型腸易激綜合征通常有腸道菌群調節劑。便秘型腸易激綜合征，首先選半纖維素或滲透性瀉藥，如乳果糖，其它的如5-羥色胺4受體、部分激動劑。中醫通過采用疏肝、健脾、和胃治法。