食管癌好發的部位主要是食管的粘膜，臨床上絕大多數食管癌的患者都是食管粘膜的病變。因為人們在進食的時候，食物最先接觸到的就是食管的粘膜，因此此處也是最容易出現癌變的部位。部分患者也可以出現在食管的基層或者食管淋巴的癌變。

食管癌一般好發在三個生理狹窄的地方。第一個是在食管入口，也就是咽喉部跟食管交界的地方；第二個是氣管和食管交界的地方，吞咽食物時容易堵塞在這里；第三個是食管和胃的交界，在臨床上經常見。在食管癌早期可以經常感覺到有異物感在咽喉處，難以下咽，并伴有疼痛感，此類現象的最好到醫院做進一步檢查。