灰黃霉素主要是用于治療皮膚表面的真菌感染，但是對指甲內部的真菌感染，治療效果不佳，灰指甲最直接的治療方式是拔出指甲蓋，再進行皮膚表面的消炎，長出新的指甲。

灰黃霉素是可以治療灰指甲的，而且效果也很好，但是副作用也很大，所以一般不建議使用灰黃霉素，建議患者可以口服藥物來治療，口服的藥物可以選擇斯皮仁諾，特比蔡芬，等這些藥物都對恢復灰指甲有很好的作用。治療灰指甲的傳統治療方法就是在用藥之前用小刀刮，然后涂百分之五碘酊。