真菌與細菌的主要區別在于真菌有細胞核且細胞壁主要成分為甲殼質；而細菌沒有細胞核且細胞壁主要成分是肽聚糖，其次真菌感染容易復發和傳染，而細菌一般不會傳染。

真菌與細菌的區別是很大的，兩者間不僅成分不同，感染后引發的疾病及治療方法也不相同，如真菌的主要成分是幾丁質，而細菌卻是肽聚糖。真菌感染要用抗真菌藥物治療，而細菌感染通常是用抗生素類藥物治療。