嬰幼兒此時的幽門發育的情況較好，但是賁門發育不足，胃容量較小，容易在進食后有嘔吐惡心等情況，夜里哭鬧時也會有嘔吐的情況。嚴重的胃食管反流情況下，患者會有缺鐵、營養不良、缺鋅等情況。

小兒胃食管反流，主要與小兒的先天性的胃發育不是很完善有關，一般對于小兒來說，大多胃是一種水平胃，而且賁門括約肌比較松弛，而幽門括約肌比較發達，喂完奶以后，如果不能夠及時豎起，很容易導致胃內容物出現反流的現象，所以這種情況主要是預防，可以喂完奶后將寶寶豎起，拍打背部，將胃內多余的氣體排出，可有助于防止喂奶，而且寶寶睡覺時也需要將寶寶側臥，防止嘔吐物誤吸引起窒息。