碘伏和碘酊兩者的區別在于成分不同、作用部位不同、殺菌效果不同和價格存在差異。碘伏不含酒精，屬于碘和水的混合物，穿透性強，具有更強的殺菌作用；碘酊屬于碘和酒精的混合物，主要用于皮膚消毒，殺菌作用較小。

碘伏比碘酊價格上貴一點，因為碘伏是絡合碘，使用時不需要用酒精脫碘，而碘酊需要。碘酊和碘伏都是消毒劑，二者藥分均為碘。有所不同的是，碘酊是以乙醇為溶媒，碘伏是以水為溶媒，二者作用相同，并且碘伏在某種意義上比碘酊的用途還要廣。由于碘伏是以水為溶媒，所以相對于碘酊對皮膚或傷口更加溫和，沒有刺激。現普遍用于肌肉、靜脈注射、外用、手術皮膚的消毒劑。由于碘伏的表面活性和乳化作用，所以碘伏穿透性更強。建議傷口不要碰水，及時消毒，清淡飲食。