甲狀腺全切后會對甲狀腺功能造成影響，術后需要堅持服用甲狀腺激素類藥物。由于甲狀腺功能減退，可能會留下反應能力遲鈍、消化功能低下等后遺癥，另外在剛剛結束術后還存在感染的風險。

甲狀腺全切除術的后遺癥可分為短期和長期影響。最近的影響通常包括手術后傷口止血是否穩定，以及手術后切口是否感染。這些是與手術相關的短期影響。遠期影響主要是術中喉上神經或喉返神經或甲狀旁腺是否受損，這些也與手術密切相關。此外，甲狀腺全切除術后的基本上都患有終身甲狀腺功能減退，需要定期服用外源性甲狀腺激素。