五妙水仙膏主要治療人類乳頭瘤病毒感染、色素痣、神經性皮炎、慢性濕疹等疾病。本藥品具有一定的腐蝕性，建議患者要先去醫院皮膚科進行檢查后，在醫生的指導下使用藥物進行治療。

五妙水仙膏主要是專治由于感染人類乳頭瘤病毒而造成皮膚的增生性的損害。所以在臨床上，主要用于尖銳濕疣的治療。一般也可以用于皮膚角化性的感染，比如尋常疣、扁平疣、指狀疣、絲狀疣等，都具有明顯的治療作用。由于該種藥膏具有一定的腐蝕性，所以也可以用于治療各種色素痣、老年斑，也就是通常所說的脂溢性角化，還有害腺瘤以及不太嚴重的血管瘤等都具有一定的作用。也可以用于皮膚增生性的疾病，比如神經性皮炎、慢性濕疹導致的皮膚局部的角化和異常增生。