注射用糜蛋白酶主要的作用是促進血凝塊、膿性分泌物和壞死組織等的清除以及消化。也可用于創傷面以及局部炎癥的治療，可以減輕患處的水腫以及分泌物。本品可以肌內注射，用藥期間要勤觀察有無不良反應。

糜蛋白酶具有稀釋痰液的作用，它能使痰液黏液中的二硫鍵斷裂，使得黏稠的痰液變得稀薄容易從氣管里面咳出來。糜蛋白酶一般只采用霧化吸入的方法作用在氣道局部，這樣通過吸入直接降酶和黏液接觸少，可以引起黏液的斷裂和崩解，從而使這個情況得到很好的緩解和恢復。如果不是有特別嚴重的問題，痰液都會很好的咳出來。