單磷酸阿糖腺苷主要用于治療病毒感染引起的疾病，比如帶狀皰疹、生殖器皰疹、單純皰疹以及慢性乙型肝炎等疾病，還可以輔助治療手足口病。治療期間可能會出現注射部位疼痛以及肌肉酸痛等不良反應。

單磷酸阿糖腺苷臨床上主要用于抗病毒的藥物，常用于病毒性感冒或者是病毒性的皰疹等癥狀，主要用來治療慢性乙型肝炎等肝臟疾病。單磷酸阿糖腺苷具有殺毒抗菌的功效，可以用來治療病毒性感染的皮膚病癥，例如帶狀皰疹、單純皰疹、生殖器皰疹等。單磷酸阿糖腺苷與其他藥物合用，可以用于治療手足口病或者是兒童水痘。