肝硬化晚期最嚴重的并發癥應該是肝性腦病和上消化道大出血。肝性腦病是因為血液中氨的含量過高，影響了腦組織的正常功能，會導致患者出現譫妄、昏迷等意識障礙。上消化道大出血是食管胃底靜脈曲張導致的，很容易導致患者出現窒息，也有可能誘發肝性腦病。

肝硬化晚期也就是臨床上的肝硬化失代償期，最嚴重的并發癥是肝性腦病。肝性腦病患者的主要臨床表現包括：性格改變、智力下降、行為失常、昏迷、肌陣攣、反射亢進以及病理反射出現等，嚴重者可危及生命。此外，失代償期肝硬化還會出現以下并發癥：上消化道出血、膽石癥、自發性細菌性腹膜炎、膽道感染、肺部感染、腸道及尿路感染、肝腎綜合癥、電解質和酸堿平衡紊亂、原發性肝癌等。