由于藥物以及煙霧的刺激原因，部分患兒在霧化后會出現惡心嘔吐、食欲減退的現象。除此以外，霧化的藥物易滯留面部或進入眼部，出現過敏、皮膚瘙癢、流眼淚等癥狀。吸入藥物劑量過大會引起孩子出現腎功能損傷。

小兒霧化一般來說不會產生嚴重的不良反應，但是，具體的不良反應以及危害可能與使用的藥物有很大關系，如果長期使用糖皮質激素有可能會使個人抵抗力下降，而且口腔長鵝口瘡很容易造成真菌感染。少部分的患兒有可能會出現惡心嘔吐，以及咳嗽癥狀加劇的不良反應。