碘酒消毒范圍更廣，可以消滅厭氧菌，酒精則不能。碘酒主要用于皮膚粘膜消毒和外科手術消毒。兩者刺激性都很強，皮膚消毒使用碘酒后，最好用酒精脫碘。75%酒精主要用于物體表面消毒和皮膚消毒。

碘酒和酒精的區別很大。酒精是一種單成分的制劑，臨床上常用的酒精有75%酒精和95%酒精（無水酒精），二者用途不同，而碘酒是一種復合制劑，是將金屬碘按一定的配比溶解到酒精中而成。碘酒的濃度是按照酒精中溶解的碘的質量計算，有0.5%、1%、2%、3%碘酒等劑型，濃度不同用途也不一樣。臨床上，碘酒和酒精都可以用作消毒劑，但適應癥不一樣。不同的消毒目標適應不同的消毒劑。