厭氧菌感染部位不同，所表現的臨床癥狀也不同。如果是胸腔部位感染厭氧菌，患者一般會出現發燒、胸痛、呼吸急促、咳嗽、咳痰、痰液伴有臭味等癥狀。可以采用甲硝唑、克林霉素、林可霉素等抗生素治療。

厭氧菌感染引起的癥狀主要還是跟感染部位有關，不同的感染部位，癥狀也不一樣。比如胸腔感染，可能會出現發熱、胸痛、呼吸困難、腹腔感染（肝膿腫、膽道感染、闌尾炎等）會出現腹痛以及相應臟器的癥狀。還可能出現皮膚和軟組織的感染，常有腐臭分泌物、廣泛的組織壞死，并可形成壞死性蜂窩組織炎。明確診斷后，需要根據藥敏試驗來選擇合適的抗生素進行治療。