做腸鏡檢查是會引起一定疼痛的，因為做腸鏡時會給腸道內充氣，會感到脹滿感。如果檢查時沒有調節放松，疼痛則會比較劇烈。如果覺得難以忍受，可以選擇做無痛腸鏡，采用麻醉方式使人處于無意識狀態，從而不會產生疼痛感。

腸鏡檢查要看情況，有無痛腸鏡，這個是打麻藥的。一般來說檢查的時候不會痛，但是打麻藥的時候會痛，還有就是普通腸鏡，此時可能有輕微的疼痛，但是不是很劇烈，一般情況都是可以耐受的，除非是患者痛覺特別敏感，建議查無痛腸鏡。腸鏡檢查是消化內科和肛腸外科最常用的一種診斷手段，它也可以用于治療，通過腸鏡可以了解腸黏膜是否有炎癥，水腫，是否有新生物，是否有腫瘤，是否有潰瘍，通過這樣的檢查不但可以明確診斷，也可以用腸鏡進行進一步的微創治療。