三個月寶寶肚子咕咕響可能是消化不良所致，與喂養不當以及胃腸功能發育不完善有關。您可以觀察孩子的排便情況是否正常，適當添加益生菌調節腸道菌群。多給寶寶喂水，適當按摩腹部。

根據你所描述的情況，寶寶肚子里咕嚕咕嚕叫是因為腸蠕動引起來的，如果沒有腹瀉的，也是屬于正常的現象。如果伴有腹瀉，腹脹等情況，可能是腸胃功能紊亂等，日常合理飲食，加強護理，腹部保暖，局部熱敷，對癥治療即可。首先要注意保暖，避免受涼，多飲水，喂養時避免過飽，少食多餐，可以口服健兒消食口服液治療。