采用高效液相層析分析法可測定β肽鏈的含量，Cooley貧血時，β/α比值<0.1(正常值為1.0～1.1)。因本病多為點突變，故常用PCR加ASO才能明確突變點，我國各民族的β地貧基因突變情況有一定差異，南方漢族的突變基因以CD41-42(-TCTTT)、CDL7(A→T)、IVS-Ⅱ-654(C→T)和TATA-box28(A→G)為主，占85%～90%。雙重雜合子的突變組合可達近100種。而地中海貧血時有不同程度的比例失衡。另外應用 8M 尿素進行肽鏈裂解，使α鏈和β鏈分開，可分別檢測各肽鏈的病變。
7、膜收縮蛋白定量
較電泳更敏感更精確。
8、骨骼X線檢查
骨髓腔增寬，皮質變薄和骨質疏松，顱骨的內外板變薄，板障加寬和短發樣骨刺形成。
9、常規做X線、B超、心電圖等檢查。
以上9種方式就是一般情況下，小兒β地中海貧血患者會進行的檢查了，通過上述中這些檢查方法可以很好的查出患者是否患有小兒β地中海貧血，以及病情的嚴重程度。
小兒β地中海貧血的鑒別
本病需與以下疾病鑒別
1、缺鐵性貧血
需注意與發生于嬰兒期重癥缺鐵性貧血區別。輕型地中海貧血的臨床表現和紅細胞的形態改變與缺鐵性貧血有相似之處，故易被誤診。但缺鐵性貧血是由于體內缺少鐵質而影響血紅蛋白合成所引起的一種常見貧血。在紅細胞的產生受到限制之前，體內的鐵貯存已耗盡，此時稱為缺鐵。這種貧血特點是骨髓、肝、脾及其他組織中缺乏可染色鐵，血清鐵濃度和血清轉鐵蛋白飽和度均降低。世界各地可見。其病因：一是鐵的需要量增加而攝入不足，二是鐵的吸收不良，三是失血過多等，均會影響血紅蛋白和紅細胞生存而發生貧血。鑒別:缺鐵誘因，血清鐵蛋白含量減低，骨髓外鐵粒幼紅細胞減少，紅細胞游離原葉琳升高，鐵劑治療有效等。
2、血紅蛋白E病
該病是由于珠蛋白基因發生點突變，β-珠蛋白鏈上某種氨基酸被另一種氨基酸取代，使血紅蛋白的性質和功能發生變化而引起的疾病。與本病相似，但本病Hb電泳可見HbE>30%。
3、紅細胞G-6PD缺乏所致先天性非球形細胞性溶血性貧血(CNSHA)
重型者與本病臨床表現相似。但前者自幼年起出現慢性溶血性貧血，表現為貧血、黃疸、脾腫大;可因感染或服藥而誘發急性溶血。G-6PD活性降低，紅細胞Heinz小體生成試驗陽性，HbF含量正常可鑒別。
