二、與歐洲、印度、非洲的醫藥交流

　　此時期中國與阿拉伯諸國并通過這一途徑與歐洲各國醫藥交流頻繁，元代蒙古人西進與歐洲人多次交戰，此時西方諸國也曾派遣傳教士來華，并在北京設有主教和教堂。這一切都促進了東西方醫藥的交流。法國傳教士盧白魯克受法蘭西國王圣路易之命，出使撻靼諸王之廷，他著有《紀行書》，其中談到了中國的風土人情和醫藥情況：他本人原通醫術，曾在教堂中為平民百姓治過病。

　　元蒙時把西方來的醫師和阿拉伯醫師視同一體，因為中古時代的阿拉伯是溝通中亞與歐洲文化的渠道，很多希臘文譯成阿拉伯文，從某種意義上說，當時阿拉伯和歐洲的科學文化是融為一體的。因此傳入中國的回回藥中有阿拉伯醫藥成份，但更主要的還是希臘、羅馬醫學的體系。

　　三、與朝鮮醫藥交流

　　契丹、女真聚居地與朝鮮直接接壤：據《高麗史》載，在古代，契丹與朝鮮、女真與朝鮮之間經常不和，也有修好之時，修好之時互貢方物，進行文化交流。

　　元代，中朝兩國之間的醫藥交流比較密切。兩國之間互派醫生診病傳醫術。元世組至元十二年(1276)八月，元帝遣德新等醫生抵高麗王宮，至元三十年，(1293)十一月，高麗王派將軍高世來中國向元帝請求派醫生，同年十二月，元帝派太醫姚生赴高麗。元成宗元貞三年(1297)六月，元遣太醫王得中、郭耕去高麗。元末，中國河間人李敏道去高麗留居，高麗授予他為典醫正和尚山君，于1395年在朝鮮去世。朝鮮也派醫生來中國從事醫療。元世祖至元二十二年(1296)三月，元世祖帝有病求高麗派良醫。高麗先后兩次派尚藥侍醫薛景成來元朝廷，為元帝治病，對此，元世祖帝“賞賜甚厚”。

　　醫事制度方面，高麗忠烈王沿用元制，在司醫署里配備“提點”二名，給銀印。元代的征東行省里設了醫學提舉司，一個時期由高麗醫人擔任了這個司的官職。

　　元代兩國之間的藥材交流比較頻繁。據《高麗史》載，元世祖至元年間，成宗貞元、大德年間以及順帝至正年間，高麗忠烈王和恭愍王先后八次遣使來中國向元朝廷獻人參、松子、木果、榧實等藥物，元朝廷先后九次向高麗王惠贈葡萄酒和香藥等藥物。元世祖中統八年(1267)九月，元世祖患腳腫病，聞見阿吉兒合蒙皮(一種魚皮)做的鞋能治此病，故派必暗赤廉孛魯等9名使者去高麗求此物，高麗元宗王將17個阿吉兒合蒙皮贈送元使。在元代，高麗通過中國輸入引沉香等南國產藥物。據《高麗史》載，元惠宗年間，浙江、江蘇一帶的地方官張士誠、張國珍、王晟等人經常向高麗贈送了沉香等南國藥物，燒酒蒸餾法也是在元代傳去朝鮮的。

　　四、與日本的醫藥交流

　　元朝對日本的海禁不嚴，甚至頗為寬大。日本方面，商人來華頗多，無名僧人更多，且皆為搭乘商船到華，由政府派遣者不多。這些商船貿易以織物類為主，但香藥自古仰仗中國供給，這個時代自不例外。

　　此期間，日本國內有名醫于嘉元元年(1303年)撰《頓醫抄》50卷，正和四年(1315年)又撰《覆載萬安》62卷(劉伯驥《中國醫學史》第671頁，華崗出版部出版，臺北，1971年)，內容與《醫心方》相近，據說其自稱讀方書二百余部、二千余卷，皆漢魏唐宋經驗之方，加以試效而纂集并附己意而成。內容大抵引述宋以前中國醫籍，而新奇疾病名目增加，病理主探五運六氣學說。又有僧有鄰于貞治年間(1362～1367年)撰《褐田方》12卷，集和漢醫著100余部，亦蔚為大觀。