本病一般具有自限性，即使不治療也可在10～14天內痊愈，用藥后通常可在1～3天內痊愈。但如果發展成慢性結膜炎就比較棘手，一般沒有自限性，患者會有眼癢、異物感和視疲勞、輕度充血和有少量分泌物等癥狀，炎癥持續時間一長還會導致結膜肥厚。
患流行性急性結膜炎的病人，應及時就診治療，以免成為傳染源。治療時，要在醫生仔細檢查后，有針對性地應用抗菌、抗病毒的藥物。可用抗生素眼藥水，或用具有抗病毒作用的三氮唑核苷、環胞苷眼藥水等，每10分鐘到2小時滴1次，反復多次使用。滴藥前，好先用3%硼酸溶液洗眼，應注意急性結膜炎不宜使用眼藥膏，并不能用紗布等將眼封閉。如果治療得當，絕大多數病人在2周左右可以完全恢復正常，并不留任何后遺癥。
流行性急性結膜炎傳染性極強且有群發性，潛伏期短僅2～3小時，長24小時左右發病，傳播速度快，其傳播途徑主要是接觸傳染，健康人接觸紅眼病人的分泌物或其污染物就會被傳染，而手、毛巾、面盆、公共浴池、游泳池等皆是可能的傳播媒介。因其具有發病急、傳播快、流行廣、傳染性強的特點，故醫學專家們又稱之為夏季的眼科“瘟疫”。
