英國衛生防護局的防護指南中根據感染幾率及危害性能將所有病原體分成高、中、低三個級別。在魚療中，比較常見或高危感染主要包括由于感染海分枝桿菌造成泳池肉芽腫（或稱魚缸肉芽腫），感染綠膿桿菌造成毛囊炎、濕疹等等。但是防護局同時也指出了，這樣的傳播可能是通過淡紅墨頭魚，亦可能是通過浴池地板的接觸傳播，或通過浴池水的直接傳播。

　　合理的干預和質量管理措施對于任何行業都有保障意義，英國衛生防護局的防護指南中建議，通過以下5個方法可以保證魚療在較為安全的方式下進行：

　　1、化學消毒；

　　2、高密度UV紫外線滅菌；

　　3、過濾：

　　4、水溫控制：

　　5、換水。

　　此外，具體的操作其實應該還包括進口可靠供應商的魚苗，如在歐洲，就由統一的機構為所有魚療服務提供可靠的淡紅墨頭魚魚苗。用于治療的小魚應該在5-10厘米大小（1-1.5歲）左右。為確保小魚不會過度饑餓導致人體損傷，還應保持一定的魚飼料投放量。

　　值得一提的是，國外的那些較為正規的魚療服務有別于國內常見的那種大池養育溫泉小魚的方式，他們設有治療浴缸，每個浴缸容量約為1100升，使用時裝約80%的溫水，根據病人皮損的大小和嚴重程度，裝入250-400條小魚。治療浴缸中的水應該得到專業的過濾和紫外線消毒，同時應保證含氧豐富以維持小魚的生存。為確保水的清潔，每天置換的水量應該是浴缸水的3-4倍之間。還配備了溫度控制的相應措施，每天對魚療使用的水缸單獨加溫至70℃并保持1小時，這樣對一些病原體有較好的滅活作用。平時使用時的水缸水保持在36-37℃。每個患者使用一個獨立的浴缸，以免造成交叉感染。

　　為確保不會有任何潛在的人畜共患病感染的風險，常見的可能造成感染的細菌應每周檢測一次，如軍團菌、綠膿桿菌、嗜水氣單胞菌、溫和氣單胞菌、豚鼠氣單胞菌、海分枝桿菌和魚分枝桿菌等。

　　雖然溫泉魚療傳播乙肝、艾滋病這樣的血液傳播性疾病可能性微乎其微。但這并不是說它100%安全，相反，若消毒工作沒有做好，這種所謂的治療有傳播某些庋膚病的風險。鑒于國內缺乏相關的標準和行業守則，以及動物福利上的考量，體驗這種難說對美容、治療皮膚病有效果的療法前還是三思為好。